Es algo muy simple, pero nunca recuerdo exactamente cómo hacerlo y siempre me paso 5 minutos hasta que lo encuentro, así que aquí queda:
./configure --build=i686-pc-linux-gnu "CFLAGS=-m32" "CXXFLAGS=-m32" "LDFLAGS=-m32"
Configurar la compilación para 32 bits mediante un script configure